Der Name der Stadt wird von Columbarium (Taubenschlag) abgeleitet.
Die Geschichte von Colmar begann vermutlich in der Karolinenzeit. Erste Siedlungen gab es an der Lauch und am Logelbach.
Im 13. Jahrhundert war Colmar unabhängige Republik, trat 1354 dem Zehnstädtebund bei und wurde Hauptstadt der Decapole. In staufischer Zeit umgab der Landvogt Wölflin den Ort mit Mauern, von denen heute allerdings nichts mehr zu sehen ist. Kaiser Friedlich II. erhob Colmar 1226 zur Reichsstadt. Rudolf von Habsburg befreite sie 1278 von fremder Gerichtsbarkeit.
Obwohl Colmar in mehreren Kriegen heftig umkämpft war, blieb es praktisch unversehrt. In der historischen Altstadt gibt es deshalb besonders viele gut erhaltene Renaissancebauten sowie Bürgerhäuser aus dem 15. und 16. Jahrhundert.
Fünf Kirchen aus dem Mittelalter, sehenswerte Profanbauten, gepflegte Fachwerkhäuser, die über die ganze Stadt verteilt sind, die schmalen Gässchen und romantischen Winkel in Klein-Venedig machen das vielgepriesene Flair von Colmar aus.