Der Rhein ist eine wichtige Nord-Süd-Verbindung in Europa und der bedeutendste europäische Wasserweg. Auch in Straßburg trägt er bereits seit dem Mittelalter zum Wohlstand der Stadt bei. 1358 wird im Inneren der Befestigungsanlagen entlang der Ill, dem Fluss, der die Altstadt umfließt, der erste Hafen, das „Kaufhaus“, eingerichtet, das gleichzeitig als Lager, Flusszollstelle und Verkaufskontor dient. Rhein und Ill sind über den Kanal Rheingiessen verbunden. Nach 1870 wird der Hafen näher an den Rhein verlegt. Die verheerenden Hochwasser, die bis 1840 immer wieder auftreten, werden Mitte des 19. Jahrhunderts eingedämmt, die Navigation auf den Fluss wird dadurch jedoch erschwert. Nach den zwischen 1906 und 1924 durchgeführten Regulierungsarbeiten konnte Straßburg seine Rolle als großer Binnenhafen wiederaufnehmen und ist heute der zweitgrößte in ganz Frankreich.
Der Rhein verläuft in mehr als 5 km Entfernung zum Stadtzentrum. Erst in den 1930er Jahren erreicht das Straßburger Stadtgebiet mit dem Bau des Rheinhafenviertels das Flussufer. Seit etwa zehn Jahren schreitet die Urbanisierung schneller voran: Ein Teil des Hafenviertels wurde in Wohnfläche umgewandelt, und die Straßenbahn fährt seit Mai 2017 über eine neue Brücke bis in die deutsche Nachbarstadt Kehl auf der anderen Rheinseite.
